چند دهه در آینده، بشریت توسط نژادی بیگانه به نام نواها در محاصره قرار گرفته است. این موجودات غیرانسانی هر زمان که ظاهر می شوند ویرانی به بار می آورند و تلاش برای دفع آنها به عنوان "نبردهای نوا" شناخته می شود. دختران جوانی به نام "پاندورا" و پسران جوانی به نام "لیمیتر" برای به دست آوردن قدرت های فراطبیعی با "استیگما" نشانه گذاری می شوند و در آکادمی های نظامی آموزش می بینند. در این آکادمی ها آنها باید یاد بگیرند که با هم کار کنند تا بشریت برای زنده ماندن شانسی داشته باشد. انیمه «یخبندان» داستان کازویا آئوئی را روایت می کند که در همان روزی که یک نبرد سلطنتی توسط پاندوراها انجام می شود، برای اولین روز خود به آکادمی نظامی وست ژنتیک عازم می شود. در اینجا او ساتلیزر ال بریجت - یک پاندورا قدرتمند که به عنوان "ملکه دست‌نخورده" شناخته می شود - را با خواهر مرحومش اشتباه می گیرد و او را در آغوش می کشد. اگرچه او باعث باخت ساتلیزر می شود، اما ساتلیزر متوجه می شود که لمس کازویا او را از خود دور نمی کند و تصمیم می گیرد او را به عنوان لیمیتر خود انتخاب کند. تنها سوال این است که آیا همکاری آنها می تواند در برابر دسیسه های دانش آموزان سال بالایی و نبرد قریب الوقوع با نواها دوام بیاورد...