داستان انیمیشن يک‌سال بعد از اتفاقات سري انيمه‌اي شکل مي‌گيرد. بعد از سفري طولاني درون “خط دنياها” به خاطر اختراعي به نام “D-Mail”، پيغامي که به گذشته ارسال مي‌شود، “رينتارو اوکابه” به خط دنياي “اشتين گيت” مي‌رسد. جايي که هيچ‌کدام از دوستان اون نمي‌ميرند و آينده‌اي که SERN بر آن حکمراني مي‌کند، به دليل اختراع نشدن ماشين زمان، وجود ندارد. ولي بعد از مدتي، عوارض جانبي سفر به خط دنياهاي مختلف به سراغ “رينتارو” مي‌آيد. طولي نمي‌کشد که اين عوارض باعث ناپديد شدن “رينتارو” مي‌شود. تنها کسي که “رينتارو” را به خاطر دارد، “ماکيسه کوريسو” است که قبلا به خاطر زحمات “رينتارو” از مرگ نجات پيدا کرده است. او با ديدن تصاوير “دژاوو”، “رينتارو” را به خاطر مي‌آورد و حالا کوريسو وظيفه‌ي برگرداندن “رينتارو” را به عهده داره.