بتمن نینجا ماجرایی را در طول اعصار تجربه میکند. وقتی که ماشین جابجایی زمان "Gorilla Grodd" تعدادی از بدترین دشمنان بتمن را را به دوران ژاپن فئودال میفرستد همراه با خود شوالیه تاریکی و تعدادی از متحدان وی. در این دوره این مجرمان نقش رهبران ژاپن فئودال را در دست گرفته و بر سرزمینی تجزیه شده حکمرانی میکنند و جوکر نیز نقش رهبر میان جناح های متخاصم را برعهده دارد. بعد از جدایی شوالیه از تامین کننده سلاح ها و تجهزیات مدرن اش (فاکس) او باید تنها روی زکاوت خود و هم پیمانانش که شمال کت وومن و خانواده بزرگ شده بت میباشد اتکا کند تا این سرزمین را از شر این جنایتکاران رها کند و به زمان حال و شهر گاتهام باز گردد.