این انیمیشن روایتگر تلاش دو نوجوان به نامهای شیتا و پازو برای رسیدن به قلعه‌ای به نام لاپوتا است. قلعه‌ای که باقی‌مانده از سرزمینی معلق در آسمان است که سال‌ها انسان‌ها بر روی آن در آرامش زندگی می‌کردند ولی بر اثر پدیده‌ای ناشناخته مجبور به بازگشت بر روی زمین می‌شوند. (که البته خود شیتا در سکانسی از فیلم می‌گوید:"ساکنان اصلی لاپوتا، آن جا را به خاطر حرص و طمع بعضی انسانهای گمراه برای دست یابی به قدرت بی پایان لاپوتا ترک کردند؛ چیزی که دیگر جایی برای دوستی و صمیمیت باقی نگذاشت.") لاپوتا مورد توجه دو گروه دیگر نیز قرار دارد. راهزنانی که سال‌ها به دنبال گنج باقی‌مانده از تمدن شکوفای مردم آن سرزمین هستند و شخصی دولتی به نام موسکا که با سوء استفاده ارتش سعی دارد با دستیابی به تکنولوژی پیشرفته و روبات‌های باقی‌مانده در این قلعه به زمین بازگشته و یک امپراتوری خودکامه برپا کند. کلید رسیدن به لاپوتا نگین گردنبندی بر گردن شیتا است، دختری که اجدادش زمانی در این شهر افسانه‌ای زندگی می‌کردند. پازو نیز پسری که پدرش سال‌ها پیش در سفری توانسته عکسی از لاپوتا بیندازد و سودای رسیدن به آن را در سر دارد برای محافظت از دختر وارد ماجرا می‌شود.