"ناروتو: شيپودن" ادامه‌ي سري انيمه‌ي اصلي تلويزيوني "ناروتو" است. حالا "اوزوماکي ناروتو" بزرگ‌تر و کم و بيش عاقل‌تر شده و هدفش را که همان نجات دوستش "اوچيها ساسکه" از چنگال شينوبي ماري، "اوروچيمارو" باشد، از سر مي‌گيرد. او پس از دو سال و نيم به دهکده‌ي "کونوها" بازگشته و مي‌خواهد به روياهايش جامه‌ي عمل بپوشاند، هرچند اين کار چندان آسان نيست، به خصوص اين‌که دشمنانش در قالب تشکيلات شينوبي معروف به "آکاتسوکي" بالاخره خود را نشان داده‌اند.