"Rail Wars!" ما را به دنیای موازی‌ای می‌برد که در آن، دولت ژاپن کنترل کامل سیستم‌های راه‌آهن کشور را در دست دارد. با ثباتی که رهبری دولت به ارمغان آورده، سیستم راه‌آهن رونق فراوانی گرفته است. ناوتو تاکایاما آرزو دارد با تبدیل شدن به کارمند «راه‌آهن ملی ژاپن» زندگی راحتی برای خود دست و پا کند. او برای رسیدن به این هدف، وارد دوره‌ی آموزشی این سازمان می‌شود؛ دوره‌ای که در آن دانش‌آموزان بایدだけでなく (dōkurazu mo = not only) دانش خود درباره‌ی قطارها را، بلکه آمادگی برای رویارویی با هر چالشی را به اثبات برسانند. در این مدت، او با دانش‌آموزان دیگری همچون آئوئی ساکورا با استعداد ورزشی، شوی ایوازومی همیشه گرسنه، و هاروکومی کومی دانشمند همه‌چیزدان آشنا می‌شود. آن‌ها با هم تلاش می‌کنند تا از دوره‌ی کارآموزی جان سالم به در ببرند، در حالی که با جیب‌برها، تهدیدهای بمب‌گذاری، و سایه‌ی گروه افراطی «آر. جی» که خواهان خصوصی‌سازی سیستم راه‌آهن است، دست و پنجه نرم می‌کنند.