سه برادر کشف می‌کنند که آزمایش‌های انسانی که پس از نابودی "اوروچی" (مار غول‌پیکر) ممنوع شده بود، همچنان به طور مخفیانه برای بازسازی مار شیطانی ادامه دارد. آن‌ها همچنین متوجه می‌شوند که برخی از اعضای سابق یاماینو (واحد نظامی ژاپنی که برای کشتن مار تشکیل شده بود...

قبیله نینجای فومه یک قبیله نینجای مخفی است که نسل‌ها منتظر بازگشت "اوروچی" (مار غول‌پیکر) بوده‌اند. شیراسو و برادر دوقلویش ایچیو در این محیط پر از خشونت بزرگ شده‌اند و داستان این فصل به شرح چگونگی تبدیل شدن آن‌ها به رهبران قبیله می‌پردازد.

یک سال از نبرد بزرگ علیه "اوروچی" (مار غول‌پیکر) می‌گذرد. تنکا به خاطر آسیب‌هایی که در نبرد نهایی دید، فلج شده است و پیش از نبرد در آزمایش‌های انسانی دولت شرکت کرده بود. تنکا خود را از جامعه کنار کشیده است، اما برادران کوچکترش، سورامارو و چوتارو، به زودی از گذ...